Sejarah organisasi di Indonesia dimulai pada tahun 1908 dengan berdirinya Budi Utomo, organisasi pergerakan nasional pertama di Indonesia. Budi Utomo didirikan oleh dr. Wahidin Sudirohusodo dan berfokus pada pendidikan dan kesadaran nasional pemuda.
Sejarah organisasi Desa di Indonesia dapat dibagi menjadi beberapa periode, yaitu:
Awal kemerdekaan
Pada masa ini, pemerintahan desa diatur dalam UUD 1945, Pasal 18 penjelasan II.
Undang-Undang No. 19 Tahun 1965
Undang-undang ini mengatur pembentukan desa praja atau daerah otonom adat.
Undang-Undang No. 5 Tahun 1979
Undang-undang ini mengatur ulang Lembaga Musyawarah Desa (LMD) yang kemudian dikenal sebagai Badan Permusyawaratan Desa (BPD).
Undang-Undang No. 22 Tahun 1999
Undang-undang ini merevisi penyeragaman nama, bentuk, susunan, dan kedudukan pemerintahan desa.
Undang-Undang No. 6 Tahun 2014
Undang-undang ini memberikan kekuasaan yang lebih besar kepada pemerintahan desa.